Text "Svobodný duch a univerzita" z roku 1989 reflektuje hlubokou krizi moderní univerzity, která se vlivem úzké specializace a fragmentace proměnila v pouhou "pluriverzitu" zaměřenou na produkci odborníků. Autor kritizuje odklon od původního ideálu univerzity jako společenství učitelů a studentů usilujících o poznání světa jako celku. Zdůrazňuje, že univerzita nesmí sloužit pouze státu či společnosti, ale především pravdě. Pravda je zde chápána nejen jako popis stávající skutečnosti, ale v komenském duchu jako perspektiva nápravy věcí v napětí mezi tím, co je, a tím, co má být. Klíčovou roli v tomto procesu hraje filosofie, která jako jediná disciplína udržuje vztah k celku a brání ztrátě smyslu v záplavě faktických poznatků. Univerzita je tak pojata jako institucionální vyjádření svobody ducha, která je nezbytná pro mravní a duchovní zdraví celé společnosti.